Crysta, une jeune fée, jolie et audacieuse, vit dans la superbe forêt tropicale de FernGully. Un jour, poussée par la curiosité trop forte, Crysta s'aventure au-delà des frontières de FernGully, et rencontre un être étrange, au moins vingt fois plus grand qu'elle : un humain, Zak ! Grâce à ses pouvoirs magiques, Chysta réduit Zak à sa taille et l'emmène à la découverte de sa forêt enchantée. Mais Hexxus, un esprit maléfique emprisonné dans un arbre depuis des siècles est accidentellement libéré par une équipe de bucherons : maintenant la forêt est en danger ! Tous les habitants de FernGully, rassemblés autour de Zak et Crysta, vont unir leurs forces pour la sauver...